Yunes foi citado na delação premiada do ex-vice-presidente de Relações Institucionais da Odebrecht Cláudio Melo Filho, que afirmou em seu depoimento que parte dos R$ 10 milhões repassados ao PMDB a pedido de Michel Temer para a campanha de 2014 teria sido entregue no escritório de Yunes, localizado em São Paulo.
Yunes é o sétimo membro do primeiro escalão do governo Temer a deixar o cargo em apenas sete meses. Além dele, segundo diversos veículos de imprensa, o secretário do Programa de Parcerias de Investimentos, Moreira Franco, que também foi citado na delação feita por Melo Filho, já estaria com a carta de demissão pronta para ser entregue a Temer. Franco, porém, emitiu uma nota negando que pretenda deixar o governo.